Hệ thống bảo vệ nhân quyền liên Mỹ nảy sinh khi chấp thuận Tuyên ngôn châu Mỹ về quyền và trách nhiệm của con người vào tháng 4 năm 1948 – một văn kiện nhân quyền quốc tế đầu tiên có tính cách tổng quát, có trước Tuyên ngôn Quốc tế Nhân quyền trên 6 tháng.

Tòa án Nhân quyền liên Mỹ được thành lập năm 1959 và có cuộc họp đầu tiên vào năm 1960. Tòa án thực hiện chuyến viếng thăm tại chỗ lần đầu để thanh tra tình trạng nhân quyền trong một nước thành viên của "Tổ chức các quốc gia châu Mỹ" (nước Cộng hòa Dominica) năm 1961.

Một bước tiến quan trọng trong sự phát triển của hệ thống đã được thực hiện vào năm 1965, khi Ủy ban được quyền xem xét các trường hợp vi phạm nhân quyền cụ thể. Từ ngày đó Tòa án đã nhận được hàng ngàn đơn xin cứu xét và đã xử lý trên 12.000 vụ riêng rẽ.

Năm 1969, các nguyên tắc hướng dẫn trong "Tuyên ngôn châu Mỹ về quyền và trách nhiệm của con người" được đưa ra soạn thảo lại và trình bày lại trong Công ước châu Mỹ về Nhân quyền. Công ước quy định rõ các quyền con người mà các bên ký kết phải tôn trọng và bảo đảm, và nó cũng đã đặt ra việc thành lập Tòa án Nhân quyền liên Mỹ Hiện nay, Công ước này ràng buộc 24 trong số 35 nước thành viên của "Tổ chức các quốc gia châu Mỹ".